荧光染料 Hoechst 33342 能少许进入正常细胞膜，使其染上低蓝色，而凋亡细胞的膜通透性增强，因此进入凋亡细胞中的Hoechst 33342 比正常细胞的多，荧光强度要比正常细胞中要高，此外，凋亡细胞的染色体DNA 的结构发生了改变从而使该染料能更有效地与DNA 结合，并且凋亡细胞膜上的p-糖蛋白泵功能受到损伤不能有效地将Hoechst 33342 排出到细胞外使之在细胞内积累增加等都使凋亡细胞的蓝色荧光增强。 PI 染料是不能进入细胞膜完整的正常细胞和凋亡细胞中，即活细胞对PI 染料拒染，而坏死细胞由于膜完整性在早期即已破损，可被PI 染料染色。